شهید ایه الله سید مصطفی خمینی رحمه الله در زندگی، کاملا بی آلایش و ساده بود و همین کمک می کرد که بتواند در زمینه های علمی، موفقیت بیشتری داشته باشد. در حقیقت با زندگی و مسایل آن خود را درگیر نمی کرد و زندگیش به سادگی جریان پیدا می کرد. والدهام و صغری (خدمتکار منزل چرخ زندگی را آن گونه که لازم بود می چرخاندند و ایشان به طور منظم برنامه خواب و خوراک و فعالیت‌های علمی خود را انجام میداد.
 
در کنار پدر: پس از ملحق شدن مرحوم والد به امام (رحمة الله علیه) در ترکیه، ایشان می گفت: وقتی وارد شدم، دیدم امام خمینی (رحمة الله علیه) نشسته اند، پرده ها را کشیده اند و تنها و ناراحتند. از نظر دولت ترکیه، آنها مورد توجه و احترام بودند و از حیث وضعیت زندگی به آنها توجه می شد. می گفت: پرده ها را کنار زدم و به ایشان گفتم: «نگاه کنید، اینجا جای بدی هم نیست.» بعد، بیرون رفتیم و گشتی زدیم و بعضی وسایل لازم را خریدیم. قریب دو ماه در آنکارا بودند. پس از آن به «بورسا» رفتند و قریب په ماه هم در آنجا ماندند. در بورسا، تحت نظر مأموران امنیتی ترکیه به سر می بردند. اقامت آنها هم در منزلی متعلق به یکی از رؤسای امنیتی آنجا به نام علی بیگ بوده است. خانه مسکونی علی بیگ در کنار این منزل قرار داشته و ظاهرا نسبت به امام (رحمة الله علیه) بسیار محبت کرده است، حتی تا سالها پس از آن بین او و امام  کارت تبریک رد و بدل می شد. از ساواک ایران هم شخصی به نام حسن آقا که از لحاظ اخلاقی آدم خوبی بوده، با مرحوم والد زیاد انس داشته است. می گفتند: مرحوم والد یک بار به شدت او را دعوا کرده بوده که چرا صدای رادیوی ایران را در حضور امام (رحمة الله علیه) بلند کرده است. او هم به گریه افتاده بوده و امام (رحمة الله علیه) رفته و او را دلداری داده بودند.
 
معرفت ناب: یکی از شاخصه‌هایی که در ایشان وجود داشت و از همه مهمتر بود و بیشتر خودنمایی می کرد، دین باوری، ایمان به خداوند، رسالت و ولایت بود، به صورتی که این اعتقاد و تدین در ابعاد گوناگون زندگی ایشان خودنمایی می کرد. این شاخصه ارزنده ای است و به اصل آفرینش و هدف اصلی خلقت باز می گردد و وظیفه اصلی هر انسان در مقابل خداوند هم چیزی جز این نیست که به او ایمان داشته باشد و او را از سر شعور بشناسد، نه این که کورکورانه عبادتش کند. این شاخصه در تمام ابعاد زندگی ایشان وجود داشت، چه در برخوردهای اجتماعی و چه در برخوردهای خصوصی و خانوادگی، از بزرگترین مسایل تا کوچکترین آنها تا آنجا که دوستان و نزدیکان از دیدار ایشان، معانی عرفانی برایشان تداعی می شد. معرفت نابی نسبت به ائمه اطهار (علیهم السلام) داشت، بخصوص نسبت به حضرت سید الشهداء(علیه السلام) که معرفت نادری بود. این از التزام او نسبت به زیارت این بزرگواران معلوم بود. البته معرفت مراتبی دارد، اما ایشان از مراتب والای آن برخوردار بود. (خاطرات خانم معصومه حائری یزدی ، همسر شهید آیت الله سید مصطفی خمینی، کتاب یادها و یادمانها، موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، جلد دوم، ص 69)  
 
نام مصطفی برازنده او بود: من خیلی دوست داشتم که نامش «مصطفى» باشد و نمی دانم آقا چه دوست داشتند، ولی من ایشان را راضی کردم و گفتم که چون نام پدرتان مصطفی بوده است بسیار مناسب است و آقا هم راضی شدند و اسمش را «محمد» گذاشتیم، لقبش را «مصطفى» و کنیه اش را «ابوالحسن» گذاشتیم، ابوالقاسم نگذاشتیم که هر سه مشابه حضرت رسول (صلی الله علیه و آله و سلم) نشود. (خاطرات مادر شهید آیت الله سید مصطفی خمینی، کتاب یادها و یادمانها، موسسه تنظیم و نشر آثار امام، جلد اول، ص۲۹)
 
مونس پدر: بعد از تبعید آقا به ترکیه، سید مصطفی خمینی جواب گوی مردم و اجتماعات بود و به فعالیت ادامه داد. به همین جهت او را هم گرفتند و به زندان بردند. دو ماه در زندان بود و بعد از دو ماه او را آزاد کردند، چون عقیده ساواک این بود که دیگر مردم متفرق شده اند و حوادث را از یاد برده اند. مصطفی هم تا آزاد شد به قم آمد و به صحن رفت، و آنجا جمعیت جمع شد و با سلام و صلوات او را به خانه آوردند. دو یا سه روز هم در منزل بود ولی وقتی دیدند که مردم قم هنوز آرام نشده اند ریختند و او را هم گرفتند و به ترکیه تبعید کردند.
 
مصطفی می گفت: «چه خوب شد که مرا بردند، چون آن شب را در یک منزل خیلی شیکی گذراندم و جاهای شیک را هم دیدم.» این خواست خدا بود که مصطفی را به نزد آقا ببرند، زیرا آقا خیلی تنها بود و مصطفی مونس خوبی برای او بود.
 
در این یک سال که آنها در ترکیه بوده اند، همه فعالیت آنها کار علمی بوده است. بعدا شنیدم که مصطفی در ترکیه دو کتاب نوشته است. و آن طوری که خودشان می گفتند، داداش از آقا مراقبت می کرده و حتی غذا درست می کرده است. در ترکیه گاهی هم مصطفی با علی بیک (نگهبان آنها به تماشای اطراف می رفته است. (همان، ص ۳۲)

خیلی مطیع بود: آقا مصطفی خیلی هم مرا دوست داشت و هم آقا را. و خیلی مطیع بود و خیلی احترام می کرد. و دوست داشت محبتش را اظهار کند. مثلا خودش به بازار می رفت و یک لباس برای من تهیه می کرد و می آورد. و آقا هم خیلی به مصطفی احترام می گذاشت. مثلا به ما می گفت: ناهار نخورید تا مصطفی بیاید. حتی پایش را جلوی مصطفی دراز نمی کرد البته هیچ وقت آقا پایش را دراز نمی کرد) ولی به مصطفی احترام خاصی می گذاشت. وقتی در ۳۰ سالگی فهمید که مصطفی مجتهد است به او اجازه اجتهاد داد.
 
مصطفی مورد احترام دیگران هم بود. در مسجد شیخ انصاری درس داشت و می گفتند درس او شلوغ تر از درس آقا می شد. در ضمن خودش هم کتاب می نوشت و به همین دلیل که موقعیت علمی و اجتماعی داشت مورد توجه بود. و همیشه از ایران نیز عده‌ای مهمان داشت. شب آخر نیز عده‌ای مهمان داشت که سحر صغری فهمیده بود فوت کرده؛ تسبیح در دست و در حال خواندن زیارت عاشورا. (همان، ص ۳۵)
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390